WordPressはデフォルトでカテゴリを自由に並べ替えることができないので(※文字コード順になっているので一応できなくはない)プラグインを使うことになるのですが、テーマによっては相性問題が起きるようです。
私はwp.vicunaを使っているので、特に問題が起きてないと思われるCategory Orderを選びました。
インストールについては他のプラグインと一緒なので説明は省きます。
というか、WordPressプラグイン公式にアップされている1.0.3は旧バージョンで、作者のサイトに2.0.1があるのですが、見た目と操作方法が逆にわかりづらそうなので旧バージョンにしてます。
画面はこんな感じ。
動かしたいカテゴリをドラッグ＆ドロップで並べ替えていきます。
小カテゴリはMoreをクリックすれば出てきます。
実際に表示させている部分のソース。
<?php wp_list_cats('sort_column=name&optioncount=1&hierarchical=1'); ?>
ただ、今はwp_list_categoriesを使うことを推奨されています。
私はそのまま動くから面倒なのであえて変えていないだけです(ダメ人間)。
P.S.
wp_list_categoriesタグを使った例
<?php wp_list_categories('sort_column=name&show_count=1&hierarchical=1&title_li='); ?>
「title_li=」を入れないと、トップカテゴリが「カテゴリ」になってしまい、今までのトップカテゴリが子カテゴリ扱いになってしまいます。
タグについての詳細はテンプレートタグ/wp list categories – WordPress Codex 日本語版をご覧下さい。