過去にも書きましたが(こちら)、バージョン3.3になって仕様が変わったようなので、覚え書き・・・っと。
■リンク挿入で別ウィンドウを開く
mt-static/mt.jsのinsertLink関数内の321行目を以下のように変更する
■ファイルのアップロードフォルダを指定する
tmpl/cms/upload.tmplの52行目を以下のように変更する
■「エントリを投稿」→「HTMLを表示」をデフォルトにする
tmpl/cms/upload_complete.tmplの109と110行を以下のように変更する
preタグの動作が怪しかったので画像で誤魔化してみたけど、どうかな？